1. El trabajo interdisciplinario: Definido desde sus inicios por nuestro Grupo como la capacidad de relacionarse con los demás en el campo de la biotecnología, mediante la comprensión de los conocimientos generados por cada una de las disciplinas, sin tratar de convertirse en un experto en todas las áreas de su aplicación, aunando los esfuerzos en pro de un objetivo común.
2. El diseño y consolidación de escuelas del pensamiento: La implementación de esta estrategia se ha soportado en la definición de líneas de largo plazo, cuyos objetos de investigación han sido seleccionados, mediante el diálogo permanente sobre la posición de la biotecnología en el contexto internacional y nacional y el papel de nuestro Grupo en su desarrollo.
3. La concepción de un Instituto Interfacultades: Durante muchos años se ha madurado la idea sobre la concepción de los institutos interfacultades y su vigencia como espacios de trabajo interdisciplinario. Estas áreas son válidas en la medida en que ejerzan una labor de coordinación para el desarrollo y acumulación de conocimiento en determinados campos de la ciencia, las artes y el desarrollo tecnológico. Los institutos interfacultades deben orientar y liderar programas definidos como prioritarios para el país, para ser desarrollados como programas interfacultades, que permitan el trabajo interdisciplinario con propósitos comunes y definan criterios e indicadores claros de evaluación. Es preciso establecer lo prioritario en cada unidad.
4. Vinculación de la investigación con los programas curriculares: La cual se puede resumir con la presencia de nuestros investigadores en los cursos regulares de la Universidad, cursos de extensión y en la dirección de trabajos de investigación, ya sea con propósito de obtener títulos de pregrado o de posgrado. Por otra parte, se creó y ha venido consolidando la Maestría Interfacultades de Microbiología. Así mismo, se ha promovido la capacitación de jóvenes en el exterior a nivel de doctorado, la mayoría de los cuales han logrado vincularse a la Universidad o están realizando investigación en otras instituciones.
5. Vinculación con el sector servicios y productivo: Es el establecimiento de un diálogo con los empresarios para llevar al sector servicios y productivo los desarrollos generados por las diferentes líneas de investigación. Está idea quedó plasmada en la creación de la Corporación para el Desarrollo Industrial de la Biotecnología -CORPODIB-. Ello no obsta para que se mantengan relaciones con otras instituciones, para llevar a cabo proyectos de desarrollo tecnológico apoyados tanto por el SENA como por Conciencias. Cabe mencionar la Red Nacional de Centros de Desarrollo Tecnológico en Biotecnología, donde participa el IBUN al lado de CORPODIB, la CIB de Medellín y Corporación BIOTEC de Cali.
6. Maestría Interfacultades de Microbiología: Desde la Dirección del IBUN, en 1991 se emprendieron todas las gestiones para la creación y consolidación de la Maestría Interfacultades de Microbiología, cuyo Comité Asesor está conformado por investigadores de cada una de las Facultades que integran el Consejo del Instituto de Biotecnología. La orientación para la puesta en marcha de la maestría, dada por las Facultades y el Instituto, hizo que esta Maestría sea reconocida hoy por su nivel académico, dinamismo y ejemplo de trabajo interdisciplinario. Vale la pena destacar que la Universidad había hecho esfuerzos previos para crear este programa, en razón al compromiso adquirido dentro del -Programa BID-ICFES para el Desarrollo de la Capacidad Investigativa-.
7. Corporación para el Desarrollo Industrial de la Biotecnología, Corpodib: Previo un análisis del papel de la Universidad en el desarrollo y comercialización de la biotecnología, los profesores vinculados al Instituto impulsaron la creación de la Corporación para el Desarrollo Industrial de la Biotecnología. Esta iniciativa implicó gestionar recursos económicos ante Planeación Nacional, lográndose la asignación de recursos en 1994 a través del Documento CONPES para su ejecución. La concepción de la Corporación implicaba motivar y vincular a instituciones tanto del orden estatal como empresas privadas para que fueran socias. Como socios estatales se logró la vinculación de CORPOICA y del Instituto Nacional de Salud, las cuales, al lado del IBUN, representan al Estado en dicha Corporación. En el sector privado y luego de un intenso trabajo de promoción en diferentes ciudades del país, se logró la vinculación de Bavaria S.A., Colinagro S.A., Merck de Colombia, Biológica de Cali, ASINFAR, Biocaribe Ltda. y la Corporación de Investigaciones Biológicas, CIB, de Medellín. En el momento la Corporación es reconocida como la más exitosa entre 34 organizaciones de este tipo que se crearon en el país al amparo de la Ley de Ciencia y Tecnología.